空气中的菌种与动植物接触，产生醱酵作用的过程。传统制造香肠、醋或酿酒者采用这种方式，容易使不良的菌种带入食物中，后来改用人工的方式，把良好的菌种培养在隔离的环境中，避免不良菌种渗入，即所谓的「菌?」。目前发展出来的菌?种类包括乳酸杆菌属、细球菌属及非病原性葡萄球菌属等。