补注井为将地表水补充至地下水层的方法之一，其设备与抽水井类似，引水入井方式可用重力或抽水机为之，所以抽水井亦可当补注井使用。引水入补注井，应注意水中不可有污泥或杂质，以免阻塞孔隙，降低补注效果，同时亦不可含有细菌及污染物，以免危害地下水水质。