中央政府行政院所属的机关。成立于民国八十九年一月二十八日。职掌为维护台湾地区海域及海岸秩序，与资源的保护利用，确保国家安全，保护人民权益；有关海域及海岸巡防国家安全情报部分，并受国家安全局之指导、协调及支援。设有通电资讯处、巡防处、后勤处、勤指中心等。缩称为「海巡署」。