系指晶体格子间之原子配列构造而言。主要是以X线绕射法解析决定晶体之结构，此外还有电子回旋分析术、中子回旋分析术以及磁谱仪等做为补助方法。依其所得之对应之格子空间群与原子座标值，分别决定各个物质之晶体结构。由原子之位置相互间之关系，了解分子之形成，原子团之存在，使其原子间之距离分子间之距离与配位数得以确立。一般均将代表性的晶体结构型冠以某某物质之名称，例如食盐型晶体结构(common salt)或称岩盐型晶体结构(rock salt)等作为结晶化学之基本名词。若不用原子论的立场所探得之知识，是无法解说晶体的物理性与化学性的特徵。几乎无论其物质为一单体、简单的无机化合物、有机化合物、以至于复杂的矿物与有机自然物质以及高分子物质，其基本晶体之构造，已被探知明确的很多。所探知之结果，从1913年起至1939年止，均载于Struktur Bericht卷七中而自1940年以后，则在晶体构造报告(Structure Reports)逐次加以登载公布。至于为使人们容易了解空间格子原子配位的情况，也就是晶体的结构，那就得靠晶体结构模型了。